قبل از این که خمینی از قم به تهران بازگردد، به فکر بازگشت به قم بود. او قصد داشت بعد از معالجه قلب در بیمارستان قلب ملکه مادر (که امام خمینی شد) به قم بازگردد. فرزندش احمد و دخترانش به‌شدت مخالف این نظر بودند. در عین حال، به غیر از اصحاب ربعه (چهارگانه هاشمی رفسنجانی، دکتر بهشتی، آیت‌الله منتظری، و مطهری- که پیش‌تر به قتل رسیده بود- از آغاز حضور آقا را در پایتخت ضروری می‌دانستند)، در دولت موقت نیز مرحوم بازرگان، سحابی، فروهر، و یزدی و چمران حضورش را در تهران به مصلحت دولت موقت می‌دانستند تا هر روز مجبور نباشند بین تهران و قم هلیکوپتر سواری کنند؛ گاه برای شکوه‌ای، زمانی برای استمزاجی، و روزی در جوار میهمانی رسمی برای دیداری.

در دوره بستری شدن خمینی در بیمارستان قلب، دو سه نفر مامور یافتن مکانی شدند. خانه‌ای در دربند نخستین اقامتگاه خمینی بود، اما خیلی زود به توصیه سیدمهدی امام جمارانی، خانه قدیمی جماران با بیرونی و اندرونی، حیاط جلو، و فضای پشت خریداری شد. و بعد حسینیه به آن افزوده شد. مطابق اسناد ثبت شمیران، مالک خانه صدیقه هاشمی علیا بود. سپس مالکیت به احمد مصطفوی فرزند خمینی انتقال داده شد. قیمت خانه را لواسانی، یکی از نمایندگان و وکلای خمینی، از محل وجوهات دریافتی پرداخت کرد.

خمینی به جماران رفت. دو سه نوبت تعمیرات مختصری در بیت و حسینیه انجام گرفت. هاشمی رفسنجانی نیز به منزل مجاور خمینی نقل‌مکان کرد. جماران یک خانه تهرانی سنتی با بیرونی و اندرونی بود. اداره بیت در درست احمد خمینی منزل‌نشین باغکی در مجاورت بیت خمینی بود، و اداره دفتر نیز در دست محمدرضا توسلی و رسولی محلاتی بود. از افرادی که در دفتر آمدوشد مستمر داشتند باید به محمدعلی انصاری، محمدحسن رحیمیان، حاج شیخ حسن صانعی، سلیمی، آشتیانی، و... جمعا ۲۷ تن در یک ساختمان چهار اتاقه متصل به جماران اشاره کرد. بعدها، با تأسیس مرکز نشر آثار امام که تحت اداره انصاری بود، و اضافه شدن هیئت مشاوران، نمایندگان مستقیم، دفتر وکلا، و نمایندگی‌های امام در ادارات دولتی و... جمعا هیئت عامل و حقوق‌بگیر بیت و دفتر آقای خمینی به ۱۰۹ تن رسید. و البته ائمه جمعه و نمایندگان در شهرهای کشور، دفتر دیگری برای رسیدگی به این امور تشکیل دادند.

بودجه دفتر و بیت خمینی تا زمان مرگ او، حدود یک‌‌ و‌ نیم میلیارد تومان بود.

از جماران تا حُر بن یزید ریاحی

دفتر ولی امر ثانی مسلمانان در چهارراه آذربایجان در حصار پاستور و کاخ- فلسطین کنونی- و سپه (امام خمینی کنونی) و میدان حُر بن یزید ریاحی- حشمت‌الدوله سابق- در کنار بیت مبارک، مجتمعی است با مساحتی نزدیک به هزار مترمربع (البته ۹ قصر و ویلای دیگر مثل ملک‌آباد مشهد، قصر قدیمی سلطنتی در رامسر، ویلاهای لواسان و سد لتیان و شاهدشت کرج، استراحتگاه و میدان سواری قصر فیروزه، و... برای استراحت و تأملات فکری آقا ساخته یا پرداخته شده است. بیچاره شاه که آن همه درباره خانه و قصرش افسانه‌ها گفتند و با رفتنش همه دیدند شکوه و جلال آنچه قاجارها ساخته بودند هنوز هم از کاخ نیاوران شاه شکوه و عظمت بیشتری دارد. کاخ مرمر را نیز فرمانفرما برای رضاشاه ساخته بود، و شکوه قصرهای قاجاری را داشت که حالا مجمع تشخیص و قوه قضاییه و... آن را در اشغال دارند). در مداخل دفتر سیدعلی حسینی خامنه‌ای، گاردها و ماموران فاز ۳ قرار دارند و پس از عبور از جدار امنیتی اول، بخش دوم در حراست فاز دومی‌هاست، که از فاز سومی‌ها بیشتر مورد اعتمادند. در حصار فاز یک البته فقط خواص حضور دارند. پاسداران مخصوص نایب امام زمان، که تعدادشان ۱۰ گروه ۹۹ نفره است، از هزار امتحان عبور کرده‌اند و اغلب از میان جوانانی انتخاب شده‌اند که بین ۱۸ تا ۲۵  سال عمر دارند، و شبیه به زنده‌خواران مرشد کامل کلب آستان علی عباس صفوی، به یک اشاره اصغر حجازی گلوی مخالفان آقا را می‌جوند و سینه‌شان را می‌شکافند.

چگونگی تکوین دفتر و بیت
برای آن که عرض و طول دفتر سیدعلی آقا و سپس بیت مبارک را به خوبی بشناسیم، ناچارم شما را سال‌ها به عقب ببرم، به نخستین سال انقلاب، و حضور شیخی مفلوک به نام شیخ محمد محمدی در فرودگاه مهرآباد، که قیافه‌اش از فقر و فلاکتش حکایت داشت. شیخ با توصیه‌ای از پدرزنش شیخ علی مشکینی، که از خاصه شاگردان و خدمه آقای خمینی بود، در دادستانی انقلاب مستقر شده بود. حضورش در فرودگاه، چند ماهه او را چنان به ثروت و دولت رساند که اسم محمدی برایش کوچک می‌نمود. بنابراین، ری‌شهری را به‌جای شهر رئی به نامش افزود. او فرزند اسماعیل شاطر شاه عبدالعظیمی بود که در یک نانوایی اجاره‌ای خمیر به تنور می‌چسباند. 

ری‌شهری چندی بعد به سازمان قضایی نیروهای مسلح رفت و از آنجا که خامنه‌ای نماینده رهبر (خمینی) در وزارت دفاع و مدتی نیز در سپاه بود، شیخ ری‌شهری خیلی زود با سیدعلی آقا ره دوستی گرفت و دست اخوت داد. در سازمان قضایی نیروهای مسلح، ری‌شهری به اتفاق احمد اتابکی، عباس سلیمی، و مهدی منتظری- رئیس بعدی حفاظت اطلاعات ارتش که هیچ نسبتی با آیت‌الله حسینعلی منتظری ندارد- گروهی را تشکیل داد که بعدها در تشکیل وزارت اطلاعات نقش مؤثری داشت. همین‌ها علاوه بر بیش از یک‌هزار تن از شایسته‌ترین و وطن‌پرست‌ترین نظامیان و شماری غیرنظامی از جمله صادق قطب‌زاده، مرحوم مهندس رضا حاج مرزبان، احمد خادم حسین‌آبادی، حجت‌الاسلام مهدوی، در جریان زمینه‌سازی برای عزل آقای منتظری، مهدی هاشمی برادر داماد او را نیز اعدام کردند.
گزینش منتظری به عنوان قائم‌مقام رهبری بیش از هر کس برای ری‌شهری که حالا بر کرسی وزارت اطلاعات تکیه زده بود غیرقابل تحمل بود. می‌دانیم که منتظری به‌شدت از فارغ‌التحصیلان مدرسه حقانی بیزار بود. کسانی از تیره ری‌شهری، فلاحیان، و پورمحمدی در نگاه منتظری ملایان بی‌سواد پلیدی بودند که از خون‌ریزی ابا نداشتند. به همین دلیل نیز با تمام نیرو برای برکندن آن‌ها تلاش می‌کرد.

اشکال کار در این بود که ری‌شهری روزی یک توطئه علیه جان خمینی و رژیم کشف می‌کرد و از طریق احمدآقا که تمایلی به جانشینی منتظری در مکان پدرش نداشت، این کشفیات جعلی را به گوش خمینی می‌رساند. زمانی که روابط آقای خامنه‌ای با خمینی به سبب جانبداری خمینی از مهندس میرحسین موسوی تیره شد، و چندی بعد در ماجرای فتوای قتل سلمان رشدی و اظهارات خامنه‌ای در سفرش به اروپای شرقی، خمینی برای دومین بار بر دهان رئیس جمهوری‌اش زد، پیمان خامنه‌ای و ری‌شهری شکل گرفت که مورد تایید هاشمی و احمد خمینی نیز بود. نخست طرح بی‌آبرو کردن منتظری و به وحشت انداختن خمینی از او به اجرا درآمد. هم‌زمان راه تماس منتظری با استادش خمینی مسدود شد، و سپس «میثاق» شکل گرفت. بر پایهٔ میثاق قرار بر این شد که با عزل منتظری، هاشمی جلو بیفتد و خامنه‌ای را بر کرسی ولایت بنشاند. بدون کمک ری‌شهری این کار غیرممکن بود. (من تا امروز می‌پنداشتم که انتخاب معاونان ری‌شهری از سوی خامنه‌ای برای اداره دفترش به علت آشنایی وی با محمدی گلپایگانی و لابد به توصیه او بوده است، اما حالا با اطلاع یافتن از مواد میثاق بین او و ری‌شهری می‌دانم که این امر یکی از اصول میثاق بوده است.) ری‌شهری از خامنه‌ای چند درخواست داشت. اولین درخواست، سپردن تولیت حضرت عبدالعظیم و امامزاده حمزه، دومی ریاست بعثه حج، سومی سپردن وزارت اطلاعات به فلاحیان بعد از او، و چهارمی سپردن امور دفترش به معاونان و مدیران بالای وزارت اطلاعات بود. خامنه‌ای همه را پذیرفت. در حضور ری‌شهری، هر دو قرآن را با سوگندشان مُهر کردند.

خامنه‌ای البته با محمدی گلپایگانی از جلسات گعده (دورهمی‌های خودمانی) و شعرخوانی‌های پیش از انقلاب آشنایی داشت. همین‌طور، با پدر اصغر حجازی آشنایی داشت که یک‌چند در دوران تبعید همسایه‌اش بود. ری‌شهری در کمتر از سه ماه کار منتظری را ساخت. رفسنجانی با بازنگری قانون اساسی اوّل نخست‌‌وزیری را از سر راه خودش که از ریاست جمهوری نصیب می‌برد برداشت، و سپس شرط مرجعیت و اجتهاد را برای رهبری حذف کرد تا مشکل نیابت امام زمانی سیدعلی آقا حل شود. خمینی در بستر مرگ بود و احمدآقا به جایش می‌نوشت و امضا می‌کرد و مهر را زیر امضا می‌گذاشت. هم نامه عزل منتظری را نوشت و هم تایید تغییرات در قانون اساسی را به امضا و مُهر خمینی آراست.

نخستین فردی که از چند هفته پیش از مرگ خمینی، شب و روزش را با خامنه‌ای سر می‌کرد، محمدی گلپایگانی بود. محمدی گلپایگانی پسر آخوندی شاعرمسلک و اهل بزم و حال بود که برخلاف پدر، اگرچه طبع شعر او را داشت، اما چون او درویش و بی‌اعتنا به قدرت و ثروت نبود. در آغاز انقلاب، با توجه به آشنایی که با خامنه‌ای داشت، وقتی خامنه‌ای در وزارت دفاع بود حکمی گرفت که راه ورودش را به پایگاه هوایی اصفهان (شهید منصور ستاری فعلی) هموار کرد. سال ۱۳۶۰ به علت مشکل مالی که در دفتر خرید نیروی هوایی در لندن پیش آمده بود، محمدی گلپایگانی به لندن آمد و در ساختمان کالا با سرهنگ لسانی، نماینده وقت نیروی هوایی و مأمور خرید تسلیحات، آشنا شد. آشنایی با همسر انگلیسی/ایرلندی‌اش که با داشتن یک فرزند و گزیدن نام زهرا، دل و دین که چه عرض کنم، عقل و هوش از سر شیخ ربوده بود، در کلاس‌های انگلیسی نیروی هوایی اتفاق افتاد و به ازدواج دوم شیخ منجر شد. شیخ، زهرا را به لندن فرستاد و خانه‌ای برایش خرید، و سال بعد به تهرانش خواند و منزل بسیار زیبایی به نامش کرد. خانم عاشق زبان فارسی هم بود. با پوشش دانشجوی ادبیات فارسی، حضور او در ایران توجیه‌پذیر می‌شد. در زمان معاونت ری‌شهری، سعید حجاریان گه‌گاه موضوع همسر بیگانه جناب معاون را مطرح می‌کرد، اما پشت شیخ به ری‌شهری و سیدعلی آقا گرم بود. بعد از انتخاب سیدعلی آقا به مقام ولایت، شیخ ناچار شد همسر دوم را به بلاد فخیمه بازگرداند و در اینجا خانه‌ای مجلل برای او خریداری کند تا با فرزند فلج اولی و دوّمی باهوش و خوشرو، در کمال راحتی زیر سایه اسلام ناب از راه دور زندگی کند. البته شیخنا تا زمانی که از مردی و زور هر دو را داشت هر از گاهی به بهانه‌ای به لندن می‌آمد تا از حلال شرعی دیدن کند، یا خانم را به تهران دعوت می‌کرد. اما به قول مرحوم علم، پدر پیری بسوزد که حتی زور و پول، و برای بعضی‌ها قرص ویاگرا، نیز بی‌تأثیر می‌شود...

باری، محمدی گلپایگانی دختر خامنه‌ای را برای پسرش گرفت. (یک دختر دیگر رهبر نیز عروس برادر باقری کنی، برادر مهدوی کنی است. برنامه نشاندن مهدوی کنی روی کرسی ریاست خبرگان بعد از این وصلت خجسته به اجرا گذاشته شد، و بعد از ریاست رفسنجانی، بار دیگر مهدوی کنی که جزو اهل بیت شده بود، بر کرسی ریاست خبرگان تکیه زد و...)

به هر روی، مجموعه اطلاعاتی‌هایی که به دفتر رفتند، در طول این سالیان با «سید» مانده‌اند. فقط میرمحمدی جای خود را به ایروانی وزیر بازرگانی میرحسین موسوی داد که یک‌چند همراه با کردان امور مالی دفتر را عهده‌دار بودند.
در حال حاضر، حاج علی مقدم که از ریاست جمهوری با خامنه‌ای بود، رئیس دفتر ارتباط مردمی رهبر، مهندس حمید صنوبری رئیس دفتر محمدی گلپایگانی (و این حمید همان است که کشمیری قاتل رجایی و باهنر را وارد سیستم امنیتی نخست‌وزیری کرده بود)، اصغر حجازی رئیس دفتر اطلاعات رهبر، حسین طائب ملقب به میثم با وجود فرماندهی اطلاعات سپاه همچنان مشاور اصغر حجازی، حسین محمدی منشی مخصوص، و سردار شیرازی رابط آقا با نیروهای مسلح است. حداد عادل پدر همسر مجتبی، ولیعهد آقا، از مشاوران همیشه بیت است وعلی‌اکبر ولایتی پای گعده بعدازظهرهای رهبر است.

دفتر خامنه‌ای دوازده هزار کارمند و مشاور و وابسته و نماینده حقوق‌بگیر از بودجه بیت‌المال دارد. درست مثل یک کابینه، خامنه‌ای ۲۳ مشاور در مرتبه وزیر دارد که هر کدام شورای معاونان و مشاوران خود را دارند. مشاور ارشد سیاسی‌اش دکتر ولایتی است، و مشاوران نظامی‌اش سرلشکر یحیی رحیم صفوی و سردار علی شیرازی‌اند. مشاور و رئیس تیم پزشکی، دکتر علیرضا مرندی و آقازاده آمریکا درس خوانده‌اش مشاور ویژه «آقا» در امور آمریکا و رسانه‌های بین‌المللی و مترجم ارشد نایب امام‌الغایب است. جلسات مشاوران گاه بنا به نیازی که به آن‌ها باشد خصوصی، و گاه در جلسات هفتگی برگزار می‌شود. رهبر در دفترش دولابچه‌ای با مُهر و قفل ناشکستنی دارد که مِفتاحش در جیب وحید حقانیان است. از دوستی فلسطینی شنیدم که خامنه‌ای به شماری از احباب خارجی‌اش از صندوق مخصوص دلار و یورو و دینار کویتی می‌دهد که یادگار صندوق‌های پولی است که باراک حسین اوباما بعد از توافق برجام برایشان فرستاده بود.

بودجه دفتر خامنه‌ای سالیانه بیش از یک میلیارد دلار برآورد می‌شود که شامل پرداخت‌های خارجی غیر ثبت شده او نیز می‌شود.